Tras la derrota en la batalla del Puente de Calderón, los insurgentes emprendieron la huida con rumbo hacia Aguascalientes. El 24 de enero, en la Hacienda del Pabellón, Allende, junto con otros altos mandos de la insurgencia, exigieron la renuncia de Hidalgo como cabeza del movimiento y quedara el propio sanmiguelense como el nuevo líder del mismo. Tras momentos de tensión, Ignacio López Rayón, secretario de Hidalgo, propuso como solución que el párroco conservara el mando político, en tanto que Allende tendría el mando militar. No obstante, en la práctica, el liderazgo del cura solamente tuvo un carácter simbólico y Allende se convirtió de facto en el único líder de la insurgencia, mientras que Hidalgo fue reducido de forma gradual y discreta a la calidad de prisionero por parte de sus propios colaboradores.

Estando en Zacatecas, con un ejército diezmado, decidió marchar hacia el norte con rumbo a los Estados Unidos, para conseguir más dinero, armas y tropas; no sin antes nombrar a Rayón, el 16 de marzo de 1811, en la ciudad de Saltillo, como el nuevo jefe del ejército insurgente. Al llegar a Acatita de Baján, el 21 de marzo, fue traicionado por Ignacio Elizondo, emboscado, y junto con los cabecillas del ejército, apresado y conducido a la ciudad de Chihuahua, donde fue juzgado y fusilado el 26 de junio.