Recibió su primera educación en Matamoros y la continuó en Monterrey, capital del Estado de Nuevo León en donde comenzó también la Secundaria en el Colegio Seminario de aquella ciudad. Poco inclinado a las únicas profesiones a que se podía aspirar con los estudios que se tenían en aquel colegio, que eran los de la Iglesia y el Foro, abandonó la carrera y siguió a su padre, quien fue destinado a ZACATECAS.

Separado de la carrera militar su referido padre, regresó con la familia a Monterey, en donde su hijo Ignacio se dedicó al comercio.

Comenzaron después a levantarse las milicias cívicas o guardias nacionales, y Zaragoza, por su propia inclinación fue uno de los primeros que con gusto se apresuraron a inscribir.

Sus compañeros de guardia nacional le nombraron sargento primero; pero la carrera militar de Zaragoza dio principio en 1853, que por disposición absoluta de Santa-Anna, se levantaron milicias activas en Nuevo León. Zaragoza marchó en una de esas compañías para Tamaulipas con el empleo de capitán.

Desde entonces tuvo ya deberes que llenar; había consagrado sus servicios a la patria; empuñaba las armas nacionales, y le era por lo mismo preciso ocurrir sus sentimientos de hombre y de mexicano, y pensar en la causa que se le quería hacer defender.

Aquellos sentimientos no podían consultarle la pasiva obediencia al gobierno arbitrario e inmoral que había usurpado el poder público de su País. Zaragoza pensaba que no debía, que no podía servir a ese gobierno despótico. Aguardaba una oportunidad para alistarse en las filas de los que lo combatían, y esa oportunidad se le presentó con el pronunciamiento en Monterrey desconociendo el régimen de Santa Anna.

El 8 de marzo de 1859 fue promovido al grado de general de brigada el cual le fue otorgado por Santos Degollado. En 1860, Zaragoza y un pequeño número de combatientes lucharon a favor de la Constitución de 1857. Zaragoza derrotó a las tropas de Leonardo Márquez, situadas en Guadalajara, Jalisco.

Poco tiempo después, bajo las órdenes del general Jesús González Ortega participó en la batalla de Calpulalpan, donde fue derrotado el ejército conservador con la que se dio término a la Guerra de Reforma.

A las órdenes del presidente Benito Juárez, Zaragoza sirvió como ministro de Guerra desde abril hasta octubre de 1861.

Cuando las fuerzas francesas de Napoleón III invadieron México para imponer como emperador a Maximiliano de Habsburgo, Zaragoza, con el rango de general y al mando del Ejército de Oriente, las enfrentó en Acultzingo en la llamada Batalla de Las Cumbres, el 28 de abril de 1862, siendo obligado a retroceder.

Zaragoza comprendió la posición defensiva y favorable que tenía la ciudad de Puebla, paso obligado para ir a la Ciudad de México. Al amanecer del 5 de mayo de 1862, el Gral. Ignacio Zaragoza arenga a sus soldados: «Nuestros enemigos son los primeros soldados del mundo, pero vosotros sois los primeros hijos de México y os quieren arrebatar vuestra patria». Ordena a Miguel Negrete dirigir la defensa por la izquierda; al zacatecano Felipe Berriozábal por la derecha y a Porfirio Díaz que esté junto a él. Tras varias horas de lucha, la batalla no se decide, se enfrentan cuerpo a cuerpo mexicanos y franceses.

Finalmente, los invasores se retiran mientras Zaragoza grita: «Tras ellos, a perseguirlos, el triunfo es nuestro». El informe que el general Ignacio Zaragoza rindió sobre la Batalla de Puebla al Secretario de Guerra Miguel Blanco Múzquiz fue breve y significativo: «Las armas nacionales se han cubierto de gloria. Las tropas francesas se portaron con valor en el combate y su jefe con torpeza».

El presidente Benito Juárez sería informado más tarde. Zaragoza, a los treinta y tres años, muere de tifus murino contraída por infestación de piojos, consecuencia de las fatigas y de la insalubridad de la campaña el 8 de septiembre de 1862.